Analisis Mekanisme Interaksi Antibodi Monoklonal Zv-64 dan Zv-67 Virus Zika secara In Silico

Abstract

Abstract. Monoclonal antibodies are specific antibodies that are used to treat a disease in an effort to develop antiviral drugs especially zika virus, because monoclonal antibodies are specific that only recognize one type of antigen. Research conducted at this time has been successful identifying the interactions that occur between ZV-64 and ZV-67 antibodies to zika virus E (DIII) protein using PatchDock software. The results of interactions that occur in Patchdock software further observed using the Biovia Discovery Studio 2020 software to get more complete data. Data generated by Patchdock software based on antibody-antigen of base molecular docking obtained the binding affinity of the 5KVF and 5KVG E (DIII) proteins, which showed the best results of molecular docking that is ZV-67 antibody with ACE score of -75.74 kj / mol and 149.16 kj / mol. Meawhile, the ZV-64 antibody has an ACE score of 25.45 kj / mol and 197.61 kj / mol. From the results of molecular docking used  Patchdock software, the ZV-67 antibody is predicted to have a better potential for inhibition of zika virus E (DIII) protein.

Keywords: Monoklonal antibodies, in silico, antibodi-antigen docking, E protein, zika virus.

Abstrak. Menggunakan antibodi monoklonal sebagai terapi suatu penyakit merupakan salah satu strategi Antibodi monoklonal merupakan antibodi spesifik yang digunakan sebagai terapi suatu penyakit sebagai upaya pengembengan antivirus terutama virus zika, karena antibodi monoklonal bersifat spesifik yang hanya mengenal satu jenis antigen. Penelitian yang dilakukan pada kali ini telah berhasil mengidentifikasi interaksi yang terjadi antara antibodi ZV-64 dan ZV-67 terhadap protein E (DIII) virus zika dengan menggunakan software PatchDock. Hasil interaksi yang terjadi pada software Patchdock kemudian diamati lebih lanjut menggunakan software Biovia Discovery Studio 2020 sebagai upaya mendapatkan data yang lebih lengkap. Data yang dihasilkan oleh software Patchdock berdasarkan hasil penambatan molekuler berbasis antibodi-antigen memperoleh hasil afinitas  pengikatan terhadap protein E (DIII) 5KVF dan 5KVG, yang menunjukan hasil terbaik penambatan molekuler yaitu antibodi ZV-67 dengan ACE score -75,74 kj/mol dan 149,16 kj/mol, sementara antibodi ZV-64 memiliki ACE score 25,45 kj/mol dan 197,61 kj/mol. Dari hasil penambatan molekuler yang dilakukan dengan software Patchdock maka antibodi ZV-67 diprediksi memiliki potensi hambatan yang lebih baik terhadap protein E (DIII) virus zika.

Kata Kunci: Antibodi monoklonal, in silico, penambatan molekuler berbasis antibodi-antigen, protein E, virus zika.